El  28  de  junio  de  2009  se  produjo  en Honduras  el  derrocamiento  del  Presidente  democráticamente electo y la ruptura del orden democrático y constitucional. La CIDH  decidió  la  incorporación  del  Estado  de  Honduras  en  el Capítulo  IV  de  su  Informe  Anual  para  2009  de  conformidad con  el  artículo  57(1)(h)  de  su  Reglamento[568],  porque considera  que  la  situación  de  Honduras  desde  el  golpe  de Estado de junio de 2009, se enmarca dentro de los siguientes criterios:

 
Primer criterio: Corresponde a aquellos casos de Estados regidos por gobiernos que no han llegado al  poder  mediante  elecciones  populares,  por  el voto  secreto,  genuino,  periódico  y  libre,  según normas       y      principios     internacionalmente aceptados.   La  Comisión  insiste  en  el  carácter esencial de la democracia representativa y de sus mecanismos,  como  medio  para  lograr  el  imperio de la ley y el respeto a los derechos humanos.  En cuanto a los Estados en los que no se observan los derechos  políticos  consagrados  en  la  Declaración Americana  y  la  Convención  Americana,  la Comisión  cumple  con  su  deber  de  informar  a  losdemás Estados miembros de la OEA de la situación de los derechos humanos de sus habitantes.  
 
Segundo  criterio:  Se  relaciona  con  los  Estados donde  el  libre  ejercicio  de  los  derechos consignados  en  la  Convención  Americana  o  la Declaración  Americana  ha  sido  en  efecto suspendido,  en  su  totalidad  o  en  parte,  en  virtud de  la  imposición  de  medidas  excepcionales,  tales como el estado de emergencia, el estado de sitio,
suspensión de garantías, o medidas excepcionales de seguridad, entre otras.  
 
Tercer  criterio:  Cuando  existen  pruebas fehacientes  de  que  un  Estado  comete  violaciones masivas  y  graves  de  los  derechos  humanos garantizados  en  la  Convención  Americana,  la Declaración  Americana  o  los  demás  instrumentos de  derechos  humanos  aplicables.   La  Comisión destaca en tal sentido los derechos fundamentales
que  no pueden  suspenderse, por lo que considera con  especial  preocupación  las  violaciones  tales como  ejecuciones  extrajudiciales,  la  tortura  y  la desaparición  forzada.   Por  lo  tanto,  cuando  la CIDH  recibe  comunicaciones  dignas  de  crédito, que  denuncian  tales  violaciones  por  un  Estado  en particular, violaciones de las que dan testimonio o corroboran  los  informes  o  conclusiones  de  otros organismos         intergubernamentales           y/u organizaciones  nacionales  e  internacionales  de seria reputación en materia de derechos humanos, considera  que  tiene  el  deber  de  llevar  tales situaciones  al  conocimiento  de  la  OEA  y  de  sus Estados miembros.